无论是 SARS、MERS、埃博拉,还是本次的新型冠状病毒,这些病毒都造成了疫情愈演愈烈,让人类措手不及,并带给了极大的痛苦。尽管本次疫情仍未过去,但致力于预测下一次大面积愈演愈烈疫情的实验室已在建设中。
自 2003 年非典愈演愈烈后,科学家们开始给与冠状病毒更加多的注目,这种病毒类别众多,而且能在有所不同的物种之间传送——在公共基因组库 GenBank 上搜寻“冠状病毒”,涉及结果多达 35000 个,其中有来自羊驼、刺猬、白鲸等物种的冠状病毒;当然,还有在蝙蝠身上找到的冠状病毒。在所有有可能的宿主中,蝙蝠受到的注目仅次于,因为它们早已演化出有一种与病毒并存的独有能力,还包括那些尤其有可能传染给人类的病毒。SARS 病毒、MERS 病毒、马尔堡病毒、尼帕病毒,埃博拉病毒,以及本次的新型冠状病毒都很有可能是由蝙蝠引发的。Michael Letko 从读博士时开始就对来自蝙蝠的样品展开测序,而他搜集到的大多数基因组都跟冠状病毒有关。
2007 年,中国的研究人员收集了来自蝙蝠的血液样本,并找到了一种叫做“HKU4-Cov”的病毒;五年后,MERS 在沙特阿拉伯愈演愈烈,当科学家们对 MERS 病毒展开测序时找到,该病毒的蛋白质序列与 HKU4-Cov 的完全完全一致。Michael Letko 回应:如果涉及数据在 MERS 愈演愈烈前就早已有了,那么科学家们就能及时告诉 MERS 病毒的传播方式,以及有可能有效地的化疗方案。Michael Letko 补足道,他想要尝试去获取这样的数据,并要求创建一个平台,对全世界搜集的冠状病毒基因组展开实验性测试。
他指出,如果人们想要弄清楚下一次大面积愈演愈烈的疫情将源于于哪里,冠状病毒是一个很好的切入点,因为它们无处不在,还可以横跨物种屏障病毒感染人类。如果人们能解读这些病毒的不同之处,就能建构出有一个预测引擎来预测哪些病毒最有可能在人群中经常出现。
录:新型冠状病毒的电镜照片,图自中国疾控中心Michael Letko 的点子或许需要为人们在疫情防控方面带给最重要的协助,不过,这个计划实行一起困难重重。首先,从野外样本中分离出来病毒是很艰难的。
在实验室培育的细胞不像野生动物身体中的细胞,它们一般来说无法从自然界提供病毒生长所必须的物质。也就是说,科学家们无法让病毒存活充足宽的时间来展开实验。其次,从序列对病毒展开逆向工程是便宜的,加之冠状病毒是所有 RNA 病毒中基因组数量仅次于的,只做到一个就要花费 15000 美元。
冠状病毒之所以如此命名,是因为其表面的突刺蛋白质缩放后看上去像皇冠。这些突刺蛋白有助病毒用来转入宿主细胞的,然后在宿主细胞里展开拷贝和传播。
而螫牙形状的微小差异要求了病毒可以病毒感染哪种细胞——这正是 Michael Letko 研究的重点。整个 2018 年,Michael Letko 都致力于建构一个制备病毒颗粒系统。
通过这个系统,他可以更换掉病毒的 RBD(受体融合域),然后通过仓鼠实验得知哪些 RBD 序列可以采访受体、转入细胞。2019 年 1 月,Michael Letko 开始更进一步的实验,他将需要转入仓鼠细胞的序列复制粘贴到制备病毒颗粒上,再行将其曝露在人类不受体细胞中,并展开了病毒感染潜力排序。除了未知的冠状病毒,如 SARS,Michael Letko 还从中国马蹄蝠身上收集了不得而知菌株。
不过测试和检验结果必须时间,当时,他预估几个月的时间就需要完备这个系统——到 2019 年底,他就能从基因银行中萃取一个序列,并在一周后获得这个序列的病毒的实验数据,比如否能病毒感染人类细胞、能病毒感染哪些细胞,以及能在多大程度上渗透到细胞。2019 年 12 月,Michael Letko 开始把过去两年的劳动成果打印机出来,并且打算将这些报告递交给一家期刊展开同行评审。
随后,武汉新冠肺炎愈演愈烈,这是一种新型冠状病毒,以前未曾在人类身上找到过。录:研究人员对新型冠状病毒展开毒株分离出来1 月 10 日,中国科学家发布了这种病毒的基因组。Michael LetkoiTunes了基因组并定位了 RBD 序列。
通过实验,他找到,新型冠状病毒与 SARS 病毒十分相似,都是通过受体 ACE2 病毒感染人类细胞,而这种受体在肺细胞中普遍存在。轻度病例不会经常出现腹痛的症状,相当严重则不会引发呼吸困难。从序列公布到 Michael Letko 辨识该病毒的反击方位所用时间为 7 天。
回应,克里普斯研究所(Scripps Research Institute)传染病遗传学家 Kristian G. Andersen 回应,“这个速度快得令人难以置信。”Kristian G. Andersen 自己并没参予这项研究,不过,他的实验室可以利用 DNA 数据跟踪埃博拉病毒、寨卡病毒以及新型冠状病毒疫情的演进。他补足道,疫情当前,Michael Letko 的希望有可能起着十分大的协助起到。因为,由于疫苗和新的化疗方法距离人体试验还有几个月的时间,对抗病毒的期望在相当大程度上要竭尽于有数的药物。
通过 Michael Letko 的实验,科学家们需要告诉病毒是如何与人体细胞融合的,从而需要想要出有制止病毒转入细胞的对策。尽管本次的疫情暂未平息,不过,Michael Letko 早已在为下一次有可能的疫情做到打算了——他想要搜集更好由动物引发的病毒感染信息,并找到哪些病毒需要病毒感染人类。
Michael Letko 说,“有了这些数据,我们才能预测哪些不会沦为人类未来的极大威胁。”(公众号:)得知,在接下来的几个月里,Michael Letko 将在华盛顿州立大学创建自己的实验室。在那里,他计划将项目的研究范围不断扩大,不仅研究有所不同的冠状病毒,还不会研究这些病毒的蛋白质,因为蛋白质是病毒转入细胞、避免人类免疫系统的关键。
根据这些实验的结果,Michael Letko 将创建冠状病毒特征描述系统,以及蛋白质相互作用的信息数据库,科学家可以利用这个数据库较慢标记有可能具备大风行潜力的新病毒。Michael Letko 说:为了搜集和分解所有这些数据,我们必须花费极大的人力物力和精力。但这是有一点的。
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